Körfez temsilcisi, ligdeki bu başarısı sayesinde 1993-1994 sezonunda tarihinde ilk kez şimdiki adı UEFA Avrupa Ligi olan UEFA Kupası’nda mücadele etti. İlk turda Portekiz ekibi Sporting Lizbon ile eşleşen yeşil-siyahlılar, İzmit’te oynanan karşılaşmada 0-0 berabere kalıp, Portekiz’de oynanan karşılaşmada ise sahadan 2-0 mağlup ayrılınca Avrupa macerasına ilk turda veda etti.
UEFA Kupası’na ikinci defa katıldığı 2002-2003 sezonunda 1. turda Macaristan’ın Ferençvaroş takımıyla eşleşen Kocaelispor, deplasmandaki ilk maçı 4-0, kendi sahasındaki rövanş karşılamasını da 1-0’lık skorlarla kaybederek elendi.
2008-2009’de Süper Lig’e veda ettikten sonra amatöre kadar gerileyen Kocaelispor, 2015-2016’da Bölgesel Amatör Lig (BAL) 12. Grup’ta sezonun bitimine 5 hafta kala şampiyonluğunu ilan etti. Kocaeli ekibi, Eskişehir’de oynanan play-off maçında İstanbul temsilcisi Sultangazispor’u 2-0 yenerek, 2013-2014 sezonunda veda ettiği Spor Toto 3. Lig’de yeniden mücadele etme hakkı kazandı.
Yeniden yükseldikten sonra bu ligde 4 sezon mücadele eden Kocaelispor, 2019-2020’de bitime 5 hafta kala açık ara farkla lider olduğu grupta TFF tarafından şampiyon olarak tescil edildi ve 2. Lig’e yükseldi.
En son 2007-2008’de 1. Lig’de şampiyon olarak Süper Lig vizesi alan yeşil-siyahlı ekip, 2008-2009’da veda ettiği Süper Lig’e 16 sezon aranın ardından tekrar döndü.
